Точная дата, когда появилась церковь, пока не определена; считается, что она была построена в 1634 г., однако в переписной книге 1673 никаких свидетельств о её существовании нет. На основании этого факта многие учёные стали сомневаться в том, что указанная дата верна.

Каменная церковь Одигитрии появилась на средства, выделенные из царской казны, и была построена в честь иконы Божией Матери Одигитрии Смоленской. Слово «Одигитрия» в переводе с греческого означает путеводительница. Во время Отечественной войны 1812 церковь очень сильно пострадала и в течение нескольких лет пребывала в забвении, только в 1832—1837 гг. нашлись средства на восстановление собора. Впрочем, Одигитрия ещё не раз разделила судьбу Иоанно-Предтеченского монастыря, будучи разоряемой. В наше время первое богослужение после реставрационных работ в храме было совершено 10 августа 1994.

Одигитрия была построена в то время, когда на смену запрещённому шатровому стилю в русскую архитектуру пришло дивное узорочье с разнообразием декоративных элементов: кокошников, изразцов, резных деталей. Один стиль окончательно ещё не утратил свои позиции, второй ещё не утвердился, именно поэтому Одигитриевскую церковь завершают три резных шатра, каждый из которых заканчивается главкой.

Одигитриевская церковь — действительно уникальный образец русского зодчества. Всего три трёхшатровых храма сохранилось на Руси: церкви в Вязьме, Угличе и подмосковных Путинках. Связано это с последствиями реформы патриарха Никона, который приказал разрушить существующие трёхглавые храмы и запретил строить новые.